Działanie urządania oparte jest na stymulacji zmienionej chorobowo tkanki słabym prądem zmiennym. W pierwszym etapie zabiegu system przeprowadza analizę fizykochemiczną miejsca przeznaczonego do leczenia. Następnie interpretuje dane i dostosowywuje terapię tak, aby przywrócić równowagę fizykochemiczną tkanki i maksymalnie wzmóc naturalne procesy regeneracyjne. Zmieniona chorobowa tkanka poddawana jest leczeniu centrymetr po centrymerze. System podczas leczenia wprowadza korekty na podstawie tysięcy obliczeń oraz pomiarów w czasie rzeczywistym, dzięki czemu gwarantuje terapię, której ludzki mózg nie mógłby zaplanować.
Rehabilitacja przy użyciu urządzenia algonix eleminuje również ryzyko błędów, które w normalnej terapii doprowadzają do nadmiernej stymulacji i zmniejszają efektywność leczenia.